1934年，南京醫科大學成立于江蘇鎮江，前身是“江蘇省立醫政學院”，是國內較早開展研究生教育的高等學府之一。
       1938年，江蘇省立醫政學院因抗日戰爭原因遷至湖南沅陵，與南通學院醫科合并更名為“國立江蘇醫學院”。
       1942年8月(yue)，由國(guo)際(ji)知(zhi)名人體寄生(sheng)(sheng)(sheng)蟲(chong)學(xue)家、中國(guo)人體寄生(sheng)(sheng)(sheng)蟲(chong)學(xue)奠(dian)基人洪式(shi)閭教授領導成立的(de)寄生(sheng)(sheng)(sheng)蟲(chong)學(xue)部開始(shi)招收研究(jiu)生(sheng)(sheng)(sheng)，標志(zhi)著(zhu)學(xue)校成為(wei)國(guo)內較早(zao)開始(shi)招收研究(jiu)生(sheng)(sheng)(sheng)的(de)高等學(xue)府(fu)。在這個階段，因抗(kang)日戰爭(zheng)的(de)原(yuan)因，學(xue)校數度遷址(zhi)，歷經湖南(nan)省沅陵、貴(gui)州省貴(gui)陽、四川省重慶市(shi)北(bei)碚(bei)，歷盡(jin)滄(cang)桑，在一批愛國(guo)知(zhi)識分子的(de)共(gong)同努(nu)力下，堅持(chi)辦學(xue)、培(pei)育人才，為(wei)國(guo)家培(pei)養了研究(jiu)生(sheng)(sheng)(sheng)、本科生(sheng)(sheng)(sheng)、專科生(sheng)(sheng)(sheng)、進修生(sheng)(sheng)(sheng)1463人。

1957年，江蘇醫學院遷到南京，更名為南京醫學院。當時院長是我國知名現代兒科醫學奠基人顏守民教授，在中國近現代醫學史上素有“北諸南顏”的美譽。在顏守民教授的帶領下，學校建立了完善的現代醫學教育體系，擁有一批在國內外醫學界有較大影響力的大師和名家。此外，教學、科研和醫療取得了較大的發展，成為華東、華南地區較高醫學學府和全國重點醫學院校之一。
       1981年(nian)，南京(jing)醫科(ke)(ke)大(da)學(xue)(xue)(xue)(xue)被國(guo)(guo)務院(yuan)(yuan)批(pi)準為全國(guo)(guo)博士(shi)、碩(shuo)士(shi)學(xue)(xue)(xue)(xue)位授予單位。隨著改革開(kai)放(fang)的(de)發展，南京(jing)醫學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)(yuan)與國(guo)(guo)際交往日(ri)益(yi)頻繁。90年(nian)代，南京(jing)醫學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)(yuan)已經和美國(guo)(guo)、日(ri)本、加(jia)拿大(da)、澳(ao)大(da)利亞、瑞(rui)典、法國(guo)(guo)、香港等國(guo)(guo)家和地區的(de)大(da)學(xue)(xue)(xue)(xue)、醫學(xue)(xue)(xue)(xue)院(yuan)(yuan)、科(ke)(ke)研機構(gou)建立了科(ke)(ke)研合作和學(xue)(xue)(xue)(xue)術交流(liu)關(guan)系，并聘請5名(ming)國(guo)(guo)際知名(ming)學(xue)(xue)(xue)(xue)者為客座教授。10年(nian)來，接(jie)待臨時來訪、講學(xue)(xue)(xue)(xue)或學(xue)(xue)(xue)(xue)術交流(liu)的(de)外賓250多批(pi)、1000 多人，并選(xuan)派120多名(ming)教師到(dao)國(guo)(guo)外留(liu)學(xue)(xue)(xue)(xue)深(shen)造(zao)，外派講學(xue)(xue)(xue)(xue)、考察、訪問和參加(jia)學(xue)(xue)(xue)(xue)術會議100多人。